厦门大学医学院微生态研究院是依托厦门大学医学院和厦门大学附属中山医院消化病医院建立的科研机构。研究院整合了厦门大学医学院、生命科学学院、药学院及公共卫生学院等平台资源，依托海峡医学发展基金、海峡医学多中心平台、海峡两岸暨世界华人高峰论坛及世界华人消化青年论坛等平台逐渐发展壮大自己的影响力。

微生态研究院充分利用其在科研与临床上的优势与资源，积极推进无菌小鼠、基因测序、大数据及人工智能等平台建设，通过无菌动物与菌群移植技术、DNA测序测定肠道菌群的种类组成的技术、生物信息学技术、分子细胞生物学、免疫学系列手段，开展菌群数据库、供体肠菌库、标本库与随访数据库、疾病动物模型、分子诊断平台和个体化微生态治疗体系等的建设；开展人类重大疾病、慢性病的发生发展与胃肠微生态之间相互关系的研究，探讨微生态疗法的临床应用以及微生态相关的诊断和治疗产品的转化研究。